Uma das formas de apagar o histórico de forma automática no Chrome, é usar algumas extensões para esse efeito. Uma delas chama-se Auto History Wipe, ou então o Click&Clean. Deixo vos os sites oficiais que explicam como o deve instalar e configurar no vosso Browser.
http://www.h3xed.com/web-and-internet/automatically-delete-browsing-history-in-chrome
http://www.hotcleaner.com/clickclean_chrome.html





